Theo quy định của Luật Thuế GTGT sửa đổi năm 2013, các doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm sẽ phải kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp.

Trong trường hợp doanh nghiệp muốn kê khai thuế theo hình thức khấu trừ, doanh nghiệp sẽ phải đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

5. Điều 11 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 11. Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng

2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:

a) Đối tượng áp dụng:

– Doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế quy định tại khoản 2 Điều 10 của Luật này;
Theo quy định tại Thông tư 64/2013/TT-BTC, hóa đơn GTGT sẽ chỉ áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân kê khai thuế theo hình thức khấu trừ, đối với các cá nhân tổ chức kê khai thuế theo hình thức trực tiếp sẽ phải áp dụng hóa đơn bán hàng:

Hóa đơn GTGT là loại hóa đơn dành riêng cho các đơn vị, tổ chức thực hiện kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ
Điều 3. Loại và hình thức hóa đơn

2. Các loại hóa đơn:

a) Hóa đơn giá trị gia tăng (mẫu số 3.1 Phụ lục 3 và mẫu số 5.1 Phụ lục 5 ban hành kèm theo Thông tư này) là loại hóa đơn dành cho các tổ chức, cá nhân khai, tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ trong các hoạt động sau:

– Bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ trong nội địa;

– Hoạt động vận tải quốc tế;

– Xuất vào khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu.

b) Hóa đơn bán hàng dùng cho các đối tượng sau đây:

– Tổ chức, cá nhân khai, tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp khi bán hàng hóa, dịch vụ trong nội địa, xuất vào khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu (mẫu số 3.2 Phụ lục 3 và mẫu số 5.2 Phụ lục 5 ban hành kèm theo Thông tư này).

Như vậy, trong trường hợp không thực hiện đăng ký tự nguyên áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ/năm sẽ đương nhiên chuyển sang hình thức kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp; kéo theo đó doanh nghiệp sẽ phải chuyển sang sử dụng hóa đơn bán hàng, không còn được sử dụng hóa đơn GTGT.

Hiện nay, một số cơ quan thuế đã có văn bản gửi đến các doanh nghiệp để lưu ý về việc thực hiện quy định trên của Luật Thuế GTGT sửa đổi (như công văn 9351/CT-THNVDT của Cục thuế Tp.HCM, Công văn 1796/CCT của Chi cục Thuế Q.9 Tp.HCM); theo đó các doanh nghiêp nếu muốn tiếp tục thực hiện phương pháp kê khai theo hình thức khấu trừ thuế cần làm công văn đăng ký đến các cơ quan Thuế trước ngày 20/12/2013.